Les entreprises vont donc poursuivre le chantier, avec notamment la dépose des plaques de zinc sur la toiture ainsi que les opérations de réparation de la charpente métallique. Sur le long pan situé voie 5 (côté Sud, rue des Terres de Borde), la reprise du chantier va concerner la réparation de la charpente, la pose de panneaux de verre ainsi que la mise en peinture. A partir du mois de septembre, c’est le décapage de la structure métallique qui pourra reprendre. A la suite des constatations et analyses qui avaient conduit à suspendre le chantier, des modifications dans les méthodes de travail et dans les procédures de contrôle ont été effectuées. Les mesures de protection des ouvriers et de l’environnement du chantier ont été renforcées : au niveau individuel avec des nouveaux équipements, et au niveau collectif avec une amélioration du confinement dans les zones sensibles, l’installation de bâches encore plus hermétiques ainsi que l’aspiration à la source lors des opérations de sablage qui peuvent être forts désagréables pour les voyageurs. Il faut souligner que rénover une gare en maintenant le trafic voyageurs relève de l’exploit surtout quand il s’agit d’une gare à forts mouvements.

Pour garantir la protection des voyageurs et des personnes travaillant sur le site, un nettoyage quotidien des quais sera réalisé la nuit afin d’éliminer le dépôt éventuel de particules de plomb. L’ensemble de ces mesures s’accompagnera de contrôles renforcés pour s’assurer de l’efficacité des moyens déployés. Enfin, une nouvelle organisation du chantier sera mise en œuvre pour rester dans le calendrier
initialement prévu et qu’il faut tenir. Il pourra s’agir de doubler les équipes et/ou d’élargir les plages horaires de travail selon les nécessités. Ainsi, l’objectif d’achèvement de la rénovation de la Grande Halle Voyageurs de Bordeaux Saint-Jean reste la mise en service de la LGV Tours-Bordeaux prévue en juillet 2017. Il y a une vraie attente dans la population comme l’a montré une précédente enquête vis a vis de la mise en service de cette véritable "navette" SNCF entre Paris et Bordeaux.